A diferencia de la versión arcade original, este port para NES presenta diseños de niveles significativamente alterados y mecánicas de juego distintas que lo diferencian de otras iteraciones. Notablemente, la etapa de la 'Isla Mágica' es reemplazada por una isla basada en el juego 'KiKi KaiKai' (Pocky & Rocky) de Taito, convirtiéndolo en una curiosidad crossover única en la historia de la serie. Los jugadores controlan a Bubby o Bobby, escalando etapas verticales creando arcoíris que sirven como plataformas, armas y herramientas para recolectar gemas ocultas. Recolectar las siete gemas en cada mundo es esencial para alcanzar el final verdadero, añadiendo una profundidad significativa más allá del simple plataformeo. Para los coleccionistas, esta versión es una 'oveja negra' fascinante debido a su diseño divergente y contenido exclusivo. Ofrece un desafío nuevo incluso para los veteranos del juego arcade original, convirtiéndolo en un imprescindible para los entusiastas de la NES y los fans del lore de Bubble Bobble.